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Marguerite le Grand mourut au moment où elle achevait son triennat, le 6 janvier 1544, laissant l'abbaye dans une assez grande perplexité au sujet de son indépendance.
Néanmoins les religieuses se réunirent en toute hâte et placèrent à leur tête l'une d'entre elles, Étiennette de Guaigny, l'une des anciennes compagnes de Marie de Savoisy. Étiennette prit la crosse en main, vit son élection acceptée par l'évêque de Paris et reçut de lui la bénédiction; mais elle ne put faire ratifier son choix par l'autorité royale, qui s'attribuait le droit de sanction en pareille circonstance.
La nouvelle abbesse se maintint cependant environ huit mois, pendant lesquels elle n'eut à enregistrer que des deuils. La mort enleva trois ou quatre des religieuses: Ève Baudry et Marie de Rapillart furent de ce nombre. Toutes deux avaient assisté à la transformation du monastère, et elles vécurent assez pour voir la destruction de l'œuvre qui leur était la plus chère, qu'elles avaient soutenu depuis 30 ans, en lui consacrant toutes leurs forces.
La triennalité des abbesses, l'un des points principaux de la règle de Poncher, venait d'être détruite. Un nouvel ordre de choses était né; Étiennette de Guaigny fut contrainte d'abandonner la crosse. Elle quitta l'abbaye, car à partir de ce temps-là, son nom ne figure plus au bas d'aucun contrat; elle reçut probablement, en échange de sa démission forcée, une compensation dans l'une des nombreuses abbayes du royaume. Dans tous les cas elle ne mourut pas à Yerres, et son nom n'a pas été inscrit dans l'Obituaire de la maison qu'elle gouverna, il est vrai, si peu de temps.
Cette triennalité des abbesses avait donc duré à peine 26 ou 27 ans. Elle avait compté en tout cinq titulaires, dont l'une, Marie d'Estouteville, pouvait presque prétendre au titre d'abbesse perpétuelle, puisqu'elle retint la crosse 17 ans.
La destruction de ce pouvoir abbatial de trois ans seulement fut-il un malheur? Nous ne le pensons pas, tant il était contraire à l'ancienne règle et à la tradition bénédictines. Heureusement la réforme avait produit des fruits meilleurs et plus durables.