Premières mentions au milieu du XIIe siècle (Cartulaire de Longpont, Vie de saint Landry évêque de Paris et bulle du pape Eugène III en faveur de l'abbaye Saint-Florent de Saumur): mention d'un chevalier Eudes de Villejust et de ses probables fille et petite-fille Eudeline et Éremburge, mention d'unE chapelle Saint-Julien de Villejust.
Fin XIIe siècle Garin du Ver, homme-lige du roi Philippe II Auguste, donne Villejust en fief à Thibaud Cocherel, et en arrière-fief à Guillaume de Villejust.
Mention au XIVe siècle d'une d'une rente annuelle de huit livres assise à Villejust, léguée par un certain Renaud de Bussière, chanoine de Paris.
Au milieu du XVe siècle plusieurs mention du Courtabœuf, seigneurie mouvante du Roi à cause de son chastel de Montlhéry et appartenant à la famille de Harville des Ursins.
Décès en 1533 d'une noble personne ensevelie dans l'église Saint-Julien: “Noble Dame… épouse de Chainemelun sieur de Cluniairencourt décédée en 1533”.
Le 31 Mai 1556, dédicace de l'église Saint-Julien de Villejust et de ses quatre autels par Charles, évêque in partibus de Mégare.
En 1580, Thomas de Balzac, chevalier des Ordres du Roi, participe à la rédaction de la Coutume de Paris en tant que Seigneur de Villejust.
Vers 1590, la seigneurie de Courtabœuf appartient Claude de Harville, seigneur de Palloiseau (Palaiseau) et de Courtabœuf.
1620: premiers registres paroissiaux conservés.
Au XVIIe siècle Villejust appartient à Hubert de Champy (†1701), Chevalier, intendant des armées navales de Sa Majesté et de la Marine à Brest, seigneur des Clauseaux, Villebon, Villejust, La Plesse, Courtabœuf, grand et petit Villefeu.
À cette époque les registres de l'Élection de Paris mentionnent toujours avec Villejust son principal écart: Fretay, parfois orthographié Ferté, La Ferté ou La Frète.
Le dénombrement de 1709 compte à Villejust et Frétay 32 feux (50 selon le sieur Doisy), soit environ à 230 habitants.
Vers 1730 le seigneur de Villejust est monsieur de Louvain, officier du Roi.
Villejust passe ensuite monsieur de Jolibois, fourrier-maréchal des logis, féal du duc de Brissac comme seigneur de Villarceaux.
En 1749, on refait la cloche de l'église:
“L'an mil sept cent quarante neuf j'ai été bénite par vénérable et scientifique personne, Me Jacques Bertrand, prêtre de cette église, et nommée Gabrielle-Jeanne par demoiselle Gabrielle-Jeanne Duquesne, dame de la terre et seigneurie de Villejust et autres lieux, veuve de Antoine François de Jolibois, Ecuyer, maréchal des Logis du Roy, et par Maître Jean Philippe Hippolyte Lambert, chevalier, conseiller du Roy, président, Président trésorier de France général des Finances et grand voyer de la Généralité de Paris, son gendre. Jehan Cahoret et Philippe Pulvé étant marguillers en charge. Charles Gaudureau fils m'a faite”.
À partir de 1790, la paroisse de Villejust, qui dépendait jusqu'alors de la Généralité de Paris, devient une commune du canton de Palaiseau (avec Bures, Marcoussis, Nozay, Orsay, Villebon et la Ville du Bois).
Le village compte alors 309 habitants répartis en 72 feux.
Lors de l'élection à deux degrés pour l'Assemblée Législative, Duval de Villejust est élu délégué par 89 voix.
Sur les 1290 hommes de la garde nationale de Palaiseau, 80 sont alors originaires de Villejust.
Incident pittoresque le 20 juin 1794:
“Ce jourd'hui, vingt Prairial, l'an II de la République une et indivisible, après avoir satisfait au tribut de reconnaissance que nous devons à l'Être suprême, le Conseil Général de Palaiseau s'est assemblé en la maison commune à l'effet de choisir un élève à la Patrie, de l'âge de seize à dix-sept ans et demi pour recevoir dans l'Institut Révolutionnaire toutes les connaissances et les mœurs d'un soldat républicain, conformément à la lettre circulaire envoyée à cette municipalité par l'agent national provisoire près le district de Versailles en date du dix-sept Prairial. En conséquence pour nous y conformer, Nous, Maire et Officiers municipaux, agent national et notables de cette Commission, présents, nous avons nommé à l'unanimité le citoyen Antoine Laisné, âgé de seize ans et demi, né à Villejust, taille de quatre pieds six pouces et demi [1,48 m], cheveux et sourcils châtains, yeux gris, nez bien fait, bouche moyenne, menton rond, front couvert, visage ovale, lequel après lecture à lui faite de ladite circulaire a accepté et a déclaré ne savoir signer…”
Le 15 avril 1795, vente de la ferme du petit Courtabœuf provenant de l'émigré Condé, ci-devant seigneur de Palaiseau, à Gastinel frères, négociants à Versailles, pour 81.200 F.
Peu après commencent les registres municipaux qui nous donne des renseignements plus approfondis sur la vie locale:
En 1817 la propriété dite Les Pavillons appartient à M. Pauquet, maire.
Les coteaux Est, donnant sur Palaiseau et Paris, produisent du vin blanc.
Les mares du plateau fournissent des sangsues réputées pour leur voracité aux apothicaires de Paris.
Un petit village aujourd'hui disparu occupe les rives du Rouillon à l'emplacement actuel du Bois des Vignes.
L'extraction de grès et de sablon occupe de nombreux ouvriers.
En 1900, on reconstruit le clocher qui menace ruine.
La population s'accroît lentement: 500 habitants en 1876, 531 en 1936, 577 en 1954.
Avant 1914 on constate une immigration bretonne (pour la culture de la fraise) et italienne (pour l'exploitation des carrières).
La Grande Guerre fauche 33 jeunes gens de la commune. On érige le monument aux morts en 1920.
En 1959 est édifié à Villebon le plus grand poste de transformation électrique d'Europe, qui dessert 2,5 millions d'habitants.
La commune se dote d'un blason en 1986.
Le 24 septembre 1989, le double tunnel ferroviaire de Villejust à Marcoussis, long de 4808 m, est officiellement mis en service par la SNCF sur la ligne LGV Atlantique.